MicroStrategy System Manager permet d’organiser et de combiner des séquences de process pour un environnement MicroStrategy. Rassemblées au sein d’un même workflow, il est possible de lancer ces séquences ponctuellement ou de les planifier. L’avantage de System Manager par rapport à Command Manager est la capacité de combiner des commandes en prenant en charge la gestion de la logique du flux.